Doença congênita é aquela decorrente da má formação das estruturas cervicais nas primeiras semanas da gestação, e na grande maioria não estão associadas a defeitos genéticos.

As anomalias congênitas de cabeça e pescoço em geral são benignas e manifestam-se mais comumente por lesões nodulares no pescoço ou também por pequenas aberturas na pele chamadas fístulas. Na maioria dos casos o tratamento é cirúrgico.

As mais comuns são: cisto do ducto tireoglosso, cisto branquial, cisto dermóide, costela cervical, torcicolo congênico, hemangioma, linfangioma, tireoide ectópica.